L'ex agente speciale della Fox Hound, Solid Snake, viene prelevato dalla vita eremitica che svolgeva in Alaska e incaricato di svolgere una missione segreta: liberare il direttore della DARPA, Donald Anderson, e il presidente della ArmsTech, Kenneth Baker, presi in ostaggio durante un'esercitazione da un gruppo di terroristi nel deposito di testate nucleari sull'isola di Shadow Moses.
Personaggi Principali: Solid Snake, Liquid Snake, Meryl Silverburgh, Otacon, Revolver Ocelot, Gray Fox.
Console: PlayStation.

Solid Snake e Otacon ora fanno parte di Philantropy, un'organizzazione riconosciuta dalle Nazioni Unite costituita allo scopo di eliminare i vari Metal Gear fabbricati in seguito alla vendita sul mercato nero da parte di Revolver Ocelot dei dati del Metal Gear REX.
Personaggi Principali: Solid Snake, Otacon, Raiden, Solidus Snake, Vamp.
Console: PS2

Primavera 1964. In piena Guerra Fredda un aereo dell'esercito statunitense sorvola lo spazio aereo sovietico con a bordo alcuni membri dell'unità Fox, tra i quali Naked Snake, Maggiore Zero e Para-Medic. Scopo dell'operazione "Missione Virtuosa" è il salvataggio dello scienziato Nikolai Stephanovich Sokolov: questi infatti era riuscito a progettare e costruire un carro armato potentissimo, lo "Shagohod" (in russo "Il Mostro che Cammina"), in grado di lanciare missili nucleari dall'Unione Sovietica contro gli Stati Uniti. Inorridito dalla sua stessa creazione, però, Sokolov riparò negli Stati Uniti senza terminare il progetto. I sovietici a questo punto piazzarono diverse testate nucleari in un loro stato satellite: Cuba. La Crisi dei missili venne poi superata non tanto con l'accordo dello smantellamento delle testate sovietiche nell'isola e di quelle statunitensi in Turchia, quanto con la restituzione di Sokolov, che ora bisogna nuovamente recuperare.
Personaggi Principali: Snake/Bis Boss, The Boss, Ocelot, Eva, Major Zero, Sokolov, The Pain, The Fury, The Fear, The End, The Sorrow.
Console: PS2

2014, la Nanotecnologia è diventata preminente e di fondamentale importanza per mantere il pieno controllo dei soldati, sia a rafforzare le capacità e far rispettare la fedeltà dei mercenari. I 5 più grandi CMP sono posseduti da una singola compagnia madre chiamata Outer Heaven, operata da Liquid Ocelot, il quale si prepara a lanciare un'insurrezione armata.
Personaggi Principali: Solid Snake, Otacon, Raiden, Meryl Silverburgh, Liquid Ocelot.
Console: PS3

Gli altri titoli della saga.
Spin-off, Prequel e sequel.
Metal Gear Solid: Rising, Metal Gear Solid: Peace Walker.